La liquidació de la Seguretat Social inclou la quota dels treballadors i la dels empresaris en el mateix moment. Els documents més importants que s’han de presentar, si és una mitjana empresa, són el TC1 i el TC2. El NominaPlus els elabora directament.

Les retencions que s’efectuen a compte de l'impost sobre la renda de les persones físiques (IRPF) s’han d’ingressar a Hisenda. Si l’empresa factura una quantitat inferior a 6.010.121,04 d’euros, ha d'emplenar el model 110, que es presenta trimestralment. Si l’empresa factura una quantitat superior als  6.010.121,04 euros la liquidació de les retencions efectuades en aquest concepte s’ha de fer mensualment mitjançant el model 111.

Per tal que els treballadors puguin fer la liquidació de l'IRPF, l’empresa està obligada a lliurar un certificat que inclogui el total que ha percebut, les retencions practicades en concepte de Seguretat Social i les retencions de l'IRPF que se li han practicat en el període de l’any natural, és a dir, entre l'1 de gener i el 31 de desembre. L’aplicació té l’opció adequada per tal de fer el certificat corresponent.

Per tal de completar el procés de gestió de personal i una vegada fetes les operacions de càlcul i tota la documentació necessària, i també la liquidació dels diferents apartats (les nòmines als treballadors, la Seguretat Social i l’ingrés de les retencions de l'IRPF), ens cal traspassar tota aquesta informació a la comptabilitat. L’aplicació NominaPlus fa aquest traspàs de manera totalment automatitzada, sempre que s'hagin introduït, en els apartats corresponents, les dades dels subcomptes on s'han de fer.

Si el procés de traspàs, com és habitual, és un únic subcompte per a tots els treballadors, cal comprovar tres apartats: a) haver activat l’enllaç al ContPlus; b) en la pestanya, "F. Cobro" quin mitjà de pagament s’utilitza (efectiu, taló o transferència) per a cada treballador; c) en l’opció corresponent al pagament de nòmines mitjançant talons "Sistema / Empresas / Cuentas bancarias", els subcomptes on s'han de traspassar.